ఈస్టిండియా కంపెనీ వారు ఇతనికి ఇంజనీరింగ్ శాఖలో ఉద్యోగమిచ్చారు. నేపియర్ అల్లుడు శామ్యూయల్ జాన్‌స్టన్ అపుడు మధురలో కంపెనీ ఉద్యోగిగా వుండేవాడు. జాన్‌స్టన్ కోరికమేరకు మధురలో కొంతకాలం వున్నాడు. అచటి పండితులతో స్నేహం చేసి భారతదేశ చరిత్రకు కావలసిన కొంత సామగ్రిని సంపాదించాడు.
ఇంజనీరింగ్ శాఖలో ఉద్యోగి కావున కంపెనీ వారి సైన్యంతాపాటు దిండిగల్లు, కోయంబత్తూరు మున్నగు చోట్ల పనిచేశాడు. 1784-90 సం.ల మధ్య సర్కారు - రాయలసీమ ప్రాంతాలలో పని చేశాడు. నెల్లూరు నుండి తూర్పు కనుమల ద్వారా రాయలసీమ ప్రాంతానికి రహదారి మార్గాల నమూనాలతో దేశపటాలు తయారు చేశాడు. కొంతకాలం గుంటూరు ప్రాంతంలొ పని చేశాడు. తన పనిని ఎంతో శ్రద్ధతో, తెలివితేటలతో చేసినందుకు మెచ్చుకొన్న కంపెనీవారు మెకంజీని గుంటూరు సీమ సర్వే చేయుటకు 1790లో అధికారిగా నియమించారు. 1792 లో టిప్పు సుల్తాన్ యొక్క శ్రీరంగపట్నంపై కారల్ వాలిస్ దాడి చేశాడు. అప్పుడు మెకంజీ కంపెనీ సైన్యపు ఇంజనీర్ గా పని చేశాడు. కారన్ వాలిస్, మెకంజీని దత్త మండలాల (నేటి రాయలసీమ) తో పాటు నెల్లూరు సీమ సర్వే చేయుటకు నియమించాడు. రాయలసీమ నెల్లూరు ప్రాంతాలకు సంబంధించిన దేశపటాన్ని, నైసర్గిక పటాన్ని మొట్ట మొదట తయారు చేసిన వాడు మెకంజీ.
ఈ సర్వే పనులలో భాగంగా దేశమంతా సంచారం చేశాడు. సుందరమైన దేవాలయాలను చూచాడు. శాసనాలపట్ల ఆసక్తిని మరింత పెంచుకొన్నాడు. ఆ కాలంలోనే ఏలూరులో వుండిన కావలి వెంకట సుబ్బయ్యగారి కుమారులతో మెకంజీకి పరిచయం కలిగింది. వారు వెంకట నారాయణ, వెంకట బొర్రయ్య, వెంకట రామస్వామి, సీతయ్యగార్లు. వీరిలో బొర్రయ్య గొప్ప తెలివితేటలు గలవాడు. మెకంజీ యువకుడైన బొర్రయ్య సహాయంతో తెలుగు, కన్నడ శాసనాలలోని విషయాలను తెలుసుకొన్నాడు. గ్రామ చరిత్రలను వ్రాయుటకు, తాళపత్ర గ్రంథాలను సేకరించుటకు చరిత్ర కుపయోగించు నాణెములను సేకరించుటకు బొర్రయ్యకు వేతన మిచ్చి వినియోగించుకొన్నాడు. బొర్రయ్య 27 ఏళ్ళ ప్రాయంలోనే చనిపోయాడు. ఆ వయస్సులోనే బొర్రయ్య చాలా విషయాలు సేకరించాడు. బొర్రయ్య తమ్ముడు లక్ష్మయ్య మెకంజీకి సహాయకుడయ్యాడు.
1810 లో మెకంజీ మదరాసు ప్రాంత సర్వేయర్ జనరల్ గా నియమింపబడినాడు. 1811-15 లో జావా ద్వీప ఆక్రమణకు వెళ్ళిన సైన్యంలోని ఇంజనీర్లకు అధికారిగా వెళ్ళాడు.
1816లో భారతదేశపు మొదటి సర్వేయర్ జనరల్ గా నియమింపబడినాడు.
1793 నుండి 1816 వరకు దక్షిణ భారత దేశంలో ఉద్యోగం చేసినపుడు మెకంజీ తాళపత్ర గ్రంథాలు, వ్రాతప్రతులు 1560 వరకు సేకరించాడు. ఇవికాక అతని సేకరణలో ప్రధానమైనవి.
